糙沙粒魟分布于印度洋及太平洋的亚热带至热带海域，主要栖息在大陆棚或珊瑚礁的沙地与砾石区域。具体分布包括日本八重山群岛及小笠原群岛周边，以及中国南海（如三沙永乐龙洞）。